La isla de Porto Santo fue descubierta en 1418 por los portugueses João Gonçalves Zarco, Tristão Vaz Teixeira y Bartolomeu Perestrelo, más tarde nombrado primer Capitán Donatario de esta isla.
Algunos años más tarde, Cristóbal Colón pasó algún tiempo en la isla, casándose con una de las hijas de Bartolomeu Perestrelo.
Donado en 1446 por D. Henrique a Bartolomeu Perestrelo, Porto Santo fue elevado a concejo en 1835. 
En Agosto de 1996 su capital, Vila Baleira, fue elevada a la categoría de ciudad.
Existen dos teorías en la atribución del topónimo "Porto Santo" a la isla, semejantes en el acontecimiento que originó el nombre, pero con datos diferentes relativos a la fecha y origen de los navegantes.
Cuenta una leyenda popular, que se remonta a 1418, que João Gonçalves Zarco y los restantes navegantes le habrían dado tal nombre por el hecho de haberles servido la isla de refugio en el transcurso de una terrible tempestad. 
La segunda versión, históricamente fundamentada, apunta a que, también en la Baja EdadMedia, una embarcación habría encontrado puerto seguro en esta isla después de una violenta tempestad. De esta forma, se confirma que antes de que los portugueses hubiesen iniciado su poblamiento en 1418, ya la isla había sido bautizada con el nombre de Porto Santo.
Más segura es la fecha de la llegada a Porto Santo de los portugueses Zarco y Tristão Vaz Teixeira - 1418. Con ese viaje y en esta isla marcaron el inicio de los descubrimientos de ultramar.
Otro importante dato histórico de la isla lo constituye el hecho de que Cristóbal Colón hubiese habitado en ella tras su matrimonio con Filipa Moniz, hija de Bartolomeu Perestrelo. En una casa situada en el centro de Vila Baleira, hoy Casa Museo Cristóbal Colón, el navegante genovés preparó el viaje del Descubrimiento de América.

Más información sobre Porto Santo haciendo click aquí.